Sono i funghi che traggono il nutrimento a spese di sostanze organiche non viventi: vivono decomponendo le sostanze organiche di origine animale, vegetale e fungine di scarto presenti in natura attuando un processo di riciclo in modo tale da rendere fertile nuovamente lo stesso substrato. È possibile distinguere ulteriormente i funghi saprotrofi, basandosi sul substrato sul quale si sviluppano. I funghi pirofili, per esempio, sono specie legate agli ambienti devastati dagli incendi: si tratta di specie in grado di sopravvivere al pH alcalino dato dalle ceneri, come la Pholiota highlandensis, un tempo nota come Pholiota carbonaria, nome datogli proprio dal suo habitat tipico su residui di terreni bruciati.

Queste specie sono favorite nel loro sviluppo e diffusione proprio dallo shock termico dovuto all’incendio, che provoca un’attivazione della spora stimolando lo sviluppo dello sporoforo. Fra le altre specie saprotrofe-pirofile, ricordiamo anche l’Hebeloma anthracophilum, la Faerberia carbonaria e la spugnola nera o Morchella elata. Sempre nell’ambito di funghi saprotrofi troviamo le specie che utilizzano come substrato nutritivo gli escrementi: queste specie sono dette coprofile o fimicole e sfruttano i diversi componenti organici presenti nelle deiezioni per svilupparsi.

Con questo particolare habitat troviamo sia funghi ascomiceti, sia basidiomiceti; esempi tipici sono il Panaeolus semiovatus, la Stropharia semiglobata, il Coprinus niveus, ma anche altri ascomiceti come (il nome è tutta una garanzia!) Peziza merdaria. Fra i funghi saprotrofi, inoltre, troviamo quelli che vivono in quello strato di sostanza organica costituito da foglie e detriti di cortecce e rametti: non a caso sono chiamati funghi di lettiera, e contribuiscono insieme a batteri, alghe, piccoli animali e insetti alla degradazione della stessa in acidi organici e inorganici, traendone al contempo prezioso nutrimento. Oltre a un grande numero di funghi microscopici, questo tipo di nutrimento è tipico di alcune specie quali la Lepista nuda, la Lepista nebularis,il Marasmius androsaceus e molti altri... Senza dimenticare i principali funghi coltivati, come ad esempio gli champignon o Agaricus bisporus.